EM菌在虾池中使用时，它们能将池水中的对虾排泄物、残饵以及其他生物的尸体等有机物转化为无机物，以减少其毒性。这个过程分为两个阶段，第一步是有益菌把蛋白质和氨基酸分解为氨和其他无机氮的过程，称为含氮有机物的矿化作用。第二步是由吸收无机物的自养菌来完成。养殖中、后期，为促进虾池的物质循环，降低有机物污染程度，使用
EM菌以达到净化水质和底质的目的。
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EM菌使用方法
1、清塘：用茶籽饼彻底清塘清除野杂鱼。
2、水体消毒：养虾苗的水深，最好在70—80厘米，在投苗前3—7天用
EM菌稀释液泼洒水面，培养基础生物饵料。
3、每亩投苗3万尾，放苗后15天用
EM菌泼洒一次，每次0.5—1公斤。
4、用
EM菌200倍的稀释液喷洒虾料，直接投喂。
5、虾养殖中、后期，为促进虾池的物质循环，降低有机物污染程度，每亩泼洒1公斤EM原露可达到改善净化水质、底质的目的，同时又有助于维持水色的稳定。
6、虾池水质透明度始终保持在30—50厘米之间。水色为黄绿色或黄褐色。雨后用二嗅海因消毒，基本没用其他药物。
7、要使
EM菌在水产养殖上取得明显成效，应连续配套使用。即在用
EM菌制作各种饲料的同时，按要求用
EM菌稀释液喷洒干池和水面。
8、注意事项：
EM菌不能与各种抗生素和杀虫剂等药物同时使用（非用不可应间隔4—6天）。若不小心混用造成池水变臭，要立即换水，再按要求用
EM菌拌料投喂和稀释液喷洒。
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小结
1、因第一次养虾，虾苗长势不均匀（1厘米左右），而且数量上有亏空。所以不好计算成活率。把好虾苗这一关是提高虾苗成活率、提高产量的关键。
2、使用
EM菌的白对虾，虾体肥大，体长15厘米左右，单只重量25克左右，成品虾平均50只/公斤左右，没得任何疾病。没使用
EM菌的成品虾平均160只/公斤左右。产量徘徊在30—100公斤左右。而且易得红体、白斑综合症。
3、
EM菌可在鱼、虾、蟹、鳖、鳗等水产养殖中推广使用，它能为其提供丰富的天然饵料，提高饲料的利用率，促进池塘物质的良性循环，保持良好的水质，降低生产成本，提高经济效益。
4、由于
EM菌能增强鱼虾类的抗病能力和忍耐力，减少药物的使用量或基本上不用防病药物，养殖产品成为绿色产品，与我国加入WTO后水产发展的趋势相一致，增强了产品的竟争能力，赢得了市场，为发展水产出口贸易创造条件。
5、淤泥较深、条件较差的老池塘，尤其是天津地区的无“好水”换入养殖水的情况下，使用EM 菌可以有效分解池中有机物、有害的氨氮、亚硝酸氮等，避免了泛池现象发生，解除了有害物质对鱼虾的毒害作用，创造了良好的生态环境，为提高产量、降低成本提供了保证。
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EM菌的方法有四种：
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